Quando instalamos um plugin ou tema que oferece vários shortcodes sempre encontramos um ou outro que precisa ser inserido em todos os posts e páginas, então pode ser uma boa ideia fazer isso no arquivo do tema diretamente.
Um exemplo disso são aqueles plugins de galerias que funcionam por shortcodes na postagem ou página, o autor do plugin quer dar a liberdade do usuário escolher mostrar a galeria então ele cria um shortcode para que a gente use quando quiser mostrar uma galeria em especial/arquivos anexados. Se você quer usar um shortcode por padrão em seu WordPress, então é só adicioná-lo no arquivo de tema com do_shortcode:
Neste exemplo, estou fazendo com que a galeria padrão do WordPress apareça no arquivo de contexto do tema (geralmente single.php), mas veja que neste exemplo, a galeria mostrada será de todos os arquivos anexados àquela postagem, então é óbvio que definir IDs de anexos vai mostrar a mesma galeria em todas as postagens. (Consulte sobre o shortcode de galeria para saber os tipos de opções que pode usar).
Com PHP, você poderá criar códigos que preencham o shortcode para você dinâmicamente e assim poderá usar os outros parâmetros disponíveis. Outra coisa que também pode criar é um filtro que insere o shortcode, assim não precisará editar arquivos do tema diretamente.
Um exemplo recente
Há algum tempo tenho recriado o plugin de adoção de animais e uma das coisas que acho importante é adicionar um formulário de contato para os visitantes, sem que precisem recorrer ao formulário de comentários da postagem. Desde que o plugin JetPack oferece formulários de contato, esse recurso foi muito fácil de ser implementado: juntamente com os dados do animal, que são inseridos automáticamente, criei um filtro para também inserir o shortcode de um formulário onde algumas das informações que serão enviadas são obtidas da própria postagem como o nome e o número de identificação do animal.
No caso de um site onde o cadastro de animais é aberto a usuários registrados, adicionei a opção do destinatário do email ser o administrador do site ou um email informado na hora do cadastro do animal, então uso estes metadados para gerar o formulário através de shortcodes no filtro.